В Пяти странах никогда не переводятся персонажи, желающие возвыситься и достичь абсолютной власти за счет других. На дворе очередной кризис - синоби с Кровным даром начали пропадать из скрытых деревень Травы, Камня, Облака и Песка. Не тронута только деревня Листвы, что вызывает резонные подозрения у остальных четырех наций. Впрочем, разведка Конохи быстро вычислила, что следы пропавших ведут на гору Сумисэн. Вот только после отчаянной и неудачной попытки добыть информацию, в небе над деревней Листвы явилась гигантская фигура, возвестившая начало новой Великой войны ниндзя.

Коноха в беде. Соседи не слушают доводов разума и стягивают войска, а князь Страны Огня приказывает Цунадэ быстрее найти истинного виновника или приготовиться к уничтожению. Собрав воедино все имеющиеся сведения, Хатакэ Какаси решает пожертвовать собой ради существования деревни. Лучшие стратеги Листвы и Песка не смогли найти иного плана, и, хоть с тяжким сердцем, но одобрили его выбор. Но что значит холодная логика против одного-единственного ученика Какаси-сэнсэя, парня в оранжевом, который не приемлет принцип «меньшего зла»? Ведь в мире Наруто побеждают те, кто голосует сердцем!

На Коноху нападают неизвестные ниндзя, и все в деревне становятcя на её защиту. Во время боя Наруто помогает старику Синно, который представляется врачом, и знакомится с его ученицей Амару. Злонамеренный Синно использует силу Бесхвостого зверя, собираясь разрушить все деревни ниндзя, но терпит поражение в бою с Наруто и пришедшим ему на помощь Саскэ Утихой.